وهو المبنى المتطاول الكائن شرقي جنوب مبنى المسجد الأقصى المبارك، له مدخلان: الأول من داخل مبنى المسجد الأقصى المبارك، والثاني يدخل إليه الزائر من ساحات المسجد الأقصى المبارك، والأخير لا يفتح إلا أيام الجمع وفي المناسبات. المسجد عبارة عن رواق واحد في عرضه، وأربعة أروقة متجاورة في طوله. دعي بهذا نسبة إلى المكان الذي أقام فيه عمر بن الخطاب، رضي الله تعالى عنه، مسجده يوم أن فتح بيت المقدس، ولا زال ذاك المكان موضع خلاف بين العلماء، أهو هنا أم إلى الشرق أكثر. يعود مبنى هذا البناء إلى العهد العثماني الأول، وهو مقطوع في أيامنا إلى جزئين: الغربي للصلاة فيه والشرقي يستغل عيادة صحية تابعة للمسجد الأقصى المبارك وتستخدم في الحالات الطارئة فقط، ثم وسّعت العيادة حديثا على حساب المسجد.
